Parallel dazu lag ein Schwerpunkt deutscher Bemühungen und Initiativen in der Ausgestaltung der Außen-, Sicherheits- und Verteidigungspolitik im Rahmen der EU-Verträge sowie auf der schrittweisen Verdichtung der Zusammenarbeit in den Bereichen Justiz- und Innenpolitik sowie innerer Sicherheit. In beiden Bereichen konnten deutliche Fortschritte erzielt werden, obgleich sie nicht der klassischen Integrationsmethode der Vergemeinschaftung oder des „großen Wurfs“ folgten. So bündelt aus Sicht der deutschen Europapolitik der Lissabon-Vertrag das pragmatisch Mögliche in einer EU, deren derzeit 27 Mitglieder deutlich unterschiedlicher in ihrer wirtschaftlichen und politischen Lage, vielfältiger in Bezug auf ihre Interessen und Bedürfnisse und offener in ihren Vorstellungen über die Zukunft der Integration erscheinen als in allen früheren Stationen der Europäischen Einigung.
Nach dem Stocken des Prozesses 2007 ist es unter deutscher EU-Präsidentschaft gelungen, den Konsens zu einer Vertragsreform neu zu begründen. Die Ergebnisse spiegeln wesentliche deutsche Anliegen wider: Der Ausbau der qualifizierten Mehrheitsentscheidung im Rat und der Mitentscheidung des EU-Parlaments, die Integration der Grundrechte-Charta und die Einführung eines Bürgerbegehrens sind wichtige Schritte zur Verstärkung der Entscheidungsfähigkeit der EU und der Sicherung demokratischer Mitwirkung. Mit dem „Hohen Vertreter für die Außen- und Sicherheitspolitik“, der den Vorsitz im Rat der Außenminister führt, der Errichtung eines „Europäischen Auswärtigen Dienstes“ und der damit verbundenen Zusammenführung der außenpolitischen Aufgaben aus Kommission und Rat der EU verstärkt der Lissabon-Vertrag die internationale Präsenz und Rolle der EU deutlich.
Die deutsche Europapolitik hat die Vertiefung der Integration, ihre Erweiterung nach Norden, Süden und Osten wie ihren institutionellen Aufbau vorbehaltlos unterstützt. Die Stärke deutscher EU-Politik lag dabei in der Ausrichtung der deutsch-französischen Beziehungen auf die EU einerseits und der engen Verbindung gerade zu den kleineren Mitgliedsstaaten andererseits. Die Deutschen wünschen ein handlungsfähiges, demokratisch verfasstes und transparentes Europa mit einem gestärkten Europäischen Parlament und eindeutigen Zuständigkeiten. Entsprechend ihrem Bruttoinlandsprodukt bestreiten die Deutschen im Übrigen zudem rund 20 Prozent des EU-Haushalts.