La globalización también sitúa ante novedosos retos al panorama científico y universitario alemán. Los responsables políticos y los propios centros superiores han puesto en marcha una serie de reformas para adecuar el sistema universitario a las nuevas exigencias internacionales. La implantación de títulos superiores escalonados como el bachelor y el máster, la introducción de tasas académicas y pruebas de selección, la aparición de ofertas formativas académicas de carácter privado o la reforzada asociación estratégica entre los centros de enseñanza superior y los institutos extrauniversitarios ejemplifican el profundo proceso de transformación en que está inmerso el sistema educativo. Gracias a las modificaciones introducidas en las leyes universitarias las universidades disponen de un mayor margen de organización, lo cual incluye por ejemplo el ajuste de las remuneraciones de los catedráticos en función del rendimiento. Las universidades de mayor prestigio tratan de acentuar su perfil y paralelamente los diversos rankings avivan la competencia.

A este objetivo se encamina también la Iniciativa de Excelencia Investigadora de las universidades alemanas, implantada con éxito desde 2006. La organización de la iniciativa es básicamente responsabilidad de la Fundación Alemana para la Investigación Científica (DFG), el principal financiero de la actividad investigadora. Hasta el año 2017 los centros de educación superior seleccionados por un jurado de expertos independientes recibirán una dotación financiera de unos 2.700 millones de euros. La iniciativa está teniendo una gran incidencia al promover sistemáticamente la implantación de nuevas estructuras propicias para la investigación y la cooperación interdisciplinaria no solo dentro de cada institución superior sino también entre distintas universidades, institutos de investigación extrauniversitarios y el sector privado. Concretamente, se fomentan “escuelas de graduados” (centros de postgrado que ofrecen a jóvenes científicos la posibilidad de doctorarse en el marco de proyectos de investigación punteros), centros de excelencia en diversas disciplinas de investigación (“clústeres de excelencia”) y el perfil investigador de nueve universidades de élite, concretamente la LMU y la TU de Múnich, la TH de Karlsruhe, la RWTH de Aquisgrán, las universidades de Constanza, Gotinga, Heidelberg y Friburgo y la FU de Berlín. El propósito es que la actividad investigadora de estos “faros de la ciencia” también se proyecte internacionalmente.