La recherche de pointe se déroule en outre dans des centaines d’instituts scientifiques réunis au sein d’organismes comme la Communauté Helmholtz, la Société Fraunhofer ou la Communauté Leibniz. Les grands chercheurs trouvent dans ces organismes de recherche d’excellentes conditions de travail que seules quelques rares institutions peuvent offrir dans le monde. Ils accueillent les chercheurs allemands les plus productifs et publient les travaux les plus originaux. Cela vaut particulièrement pour les 77 Instituts Max Planck (MPI). Qu’il s’agisse de rechercher de l’eau sur Mars, de décoder le génome humain ou d’étudier le comportement humain, les Instituts Max Planck sont toujours présents quand la science part à la découverte d’un nouvel univers. Leurs chercheurs ont obtenu 17 prix Nobel et bien d’autres distinctions internationales depuis la création de la Société en 1948. En 2007, Gerhard Ertl, directeur d’un MPI, a obtenu le prix Nobel de chimie. L’attrait de la Société Max Planck réside dans sa conception de la recherche : ses instituts déterminent eux-mêmes leurs thèmes de recherche, disposent des meilleures conditions de travail et choisissent librement leurs collaborateurs. Nombre de chercheurs considèrent qu’être à la tête d’un MPI constitue l’apogée d’une carrière scientifique.

Ce qui est rare dans les Instituts Max Planck est indispensable dans les instituts de la Société Fraunhofer : une collaboration étroite avec l’industrie. Ses plus de 80 centres font de la recherche appliquée, surtout en ingénierie. Les experts de la Société Fraunhofer partagent leur temps entre le laboratoire et l’usine car leurs missions leur sont très souvent confiées par des entreprises, en général des P.M.E. 

Les atouts des 86 instituts de la Communauté Leibniz résident aussi bien dans les sciences de la vie et de la nature que dans les sciences humaines, économiques et sociales. L’Institut d’études économiques ifo, qui publie régulièrement un indice du climat des affaires, fait partie de cet organisme au même titre que le Deutsches Museum à Munich, le Bernhard-Nocht-Institut de médecine tropicale à Hambourg ou l’Institut de la langue allemande à Mannheim qui étudie l’évolution de l’allemand.

La Communauté Helmholtz réunit seize organismes de haute technologie. Ce sont de grandes institutions, souvent extrêmement onéreuses, connues dans le monde entier. Citons pour exemple la Société allemande de recherche sur les ions lourds (GSI), le Centre allemand de recherches sur le cancer (DKFZ), le Synchrotron d’électrons allemand à Hambourg (DESY) ou l’Institut Alfred Wegener de recherches marines et polaires. Chaque année, les centres Helmholtz attirent des milliers de chercheurs étrangers qui souhaitent utiliser leurs installations uniques au monde pour réaliser des essais de physique ou de médecine.

La recherche est un facteur d’innovation important et les innovations sont un moteur de la croissance. Le gouvernement fédéral veut continuer à faire progresser la science et la recherche allemandes avec un soutien ciblé : le budget que la Fédération destine à l’éducation et à la recherche augmentera de 12 milliards d’euros entre 2010 et 2013. Son objectif : investir 10 % du P.I.B. dans ce domaine d’ici à 2015 au plus tard.