Кроме того, передовые научные исследования ведутся в сотнях НИИ, входящих в такие организации, как Сообщество германских научно-исследовательских центров им. Гельмгольца, Общество им. Фраунгофера или Научное общество им. Готфрида Вильгельма Лейбница. Именно во внеуниверситетских научно-исследовательских учреждениях ведущие ученые находят такие оптимальные условия для работы, какие во всем мире могут предложить лишь немногие институты. Здесь работают самые продуктивные германские исследователи, рождаются оригинальнейшие публикации. Особенно это относится к 77  институтам (MPI) Общества им. Макса Планка. Будь то поиски воды на Марсе, проект генома человека или изучение человеческого поведения, институты им. Макса Планка всегда действуют там, где осваивается научная целина. 17 Нобелевских премий и множество других международных наград получили работающие в них ученые с момента основания общества в 1948 г. В 2007 г. Нобелевскую премию по химии получил директор одного из MPI Герхард Эртль. Привлекательность Общества им. Макса Планка обусловлена его подходом к научным исследованиям. Входящие в него институты сами определяют все темы, получают оптимальные условия для работы и свободу рук в подборе сотрудников. Пост директора одного из MPI – для многих ученых вершина их карьеры.

То, что в Обществе им. Макса Планка – редкое явление, для институтов Общества им. Фраунгофера имеет жизненно важное значение: тесное сотрудничество с промышленностью. Свыше 80 его научно-исследовательских учреждений занимаются прикладными исследованиями, прежде всего в области инженерных наук. Фраунгоферовские эксперты стоят одной ногой в лаборатории, а другой – в заводском цеху. Ведь заказы они получают, как правило, от предприятий, преимущественно мелких и средних.

86 учреждений Научного общества им. Лейбница сильны не только в сфере наук о жизни и  естественных наук, но и делают большой акцент на гуманитарные, общественные и экономические науки. Это и Институт экономических иследований ifo, регулярно публикующий индекс делового климата, и Германский музей в Мюнхене, один из важнейших в мире естественнонаучных и технических музеев, и Институт тропической медицины им. Бернхарда Нохта в Гамбурге, и Институт немецкого языка в Мангейме, ведущий научное сопровождение развития немецкого языка.

Под крышей Сообщества германских научно-исследовательских центров им. Гельмгольца собраны 16 высокотехнологичных учреждений, крупных, зачастую чрезвычайно дорогостоящих, известных во всем мире: например, Общество по изучению тяжелых ионов (GSI), Германский онкологический центр (DKFZ), Германский электронный синхротрон в Гамбурге (DESY) или Институт полярных и морских исследований им. Альфреда Вегенера в Бремерхафене. Каждый год тысячи иностранных ученых приезжают в институты им. Гельмгольца, чтобы воспользоваться уникальными в мире установками для физических и медицинских опытов.

Научные исследования – важный ключ для инноваций, а инновации считаются мотором экономического роста. С помощью целенаправленного содействия федеральное правитель­ство хочет еще больше продвинуть вперед науку и научные исследования. Так, расходы федерации на образование и научные исследования в период 2010-2013 гг. должны быть увеличены в целом на 12 млрд. евро. Цель – самое позднее к 2015 г. инвестировать 10 проц. ВВП в эту сферу.