İleri teknoloji araştırmaları sadece üniversitelerde değil, Helmholtz Topluluğu, Fraunhofer Topluluğu ya da Leibniz Topluluğu gibi kurumlara bağlı yüzlerce bilimsel enstitüde de yapılmaktadır. Özellikle üniversite dışındaki araştırma kurumlarında, birinci sınıf bilimciler için dünya genelinde pek az kurumun sağlayabileceği mükemmel çalışma koşulları sunuluyor. Buralarda en üretken Alman araştırmacıları çalışıyor, en özgün yayınlar yapılıyor. Bu bağlamda özellikle 78 Max Planck Enstitüsü’nü (MPI) anmak gerek. Bilim nerede yeni dünyalar keşfetmişse (ister Mars’ta su arama olsun, ister humangenom projesi ya da insanın davranış biçimlerinin araştırılması), Max Planck Enstitüleri, hep orada varlar. Topluluk bünyesinde çalışan bilimciler, kurumun 1948’de kurulmasından bu yana 17 Nobel ödülü ve birçok başka uluslararası ödüle layık görüldü. 2007 yılında Nobel Kimya Ödülü’nü MPI Müdürü Gerhard Ertl aldı. Max Planck Topluluğu’nun cazibesi, araştırma anlayışlarından kaynaklanıyor: Enstitüler bütün konuları kendileri belirliyor, en iyi çalışma koşullarını sunuyor ve çalışanlarını kendileri seçiyorlar. Bir MPI’nin müdürü olmak birçok bilimci için kariyerlerinin doruk noktası anlamını taşıyor.

Max Planck’ta ender bir uygulama, Fraunhofer Topluluğu’nun can damarını teşkil ediyor: Sanayiyle yakın işbirliği. Topluluğa ait 56 kadar araştırma merkezi özellikle mühendislik dallarında uygulamalı alanlarda araştırmalar yapıyor. Fraunhofer uzmanlarının bir ayağı laboratuarda, diğer ayağı fabrika hollerindedir. Çünkü iş yaptıkları çevreler genelde işletmelerden oluşuyor, çoğu da orta ölçekli işletmeler olmak üzere.

Yaşam ve doğa bilimlerine verdiği ağırlıkla tanınan Leibniz Topluluğu’nun 83 enstitüsünün güçlü olduğu alanlar bunlarla sınırlı değil; bu kuruluşlar toplum, düşün ve ekonomi bilimlerine de yoğun olarak eğiliyorlar. Topluluk üyeleri arasında, her yıl düzenli olarak iş dünyası durum endeksi yayınlayan ifo Enstitüsü’nün yanısıra, dünyadaki en önemli doğa ve teknik müzelerinden biri olan Münih’teki Alman Müzesi, tropik tıp alanında çalışan Hamburg’taki Bernhard Nocht Enstitüsü veya Alman dilinin gelişimine bilimsel ortamlarda eşlik eden Mannheim’daki Alman Dili Enstitüsü de yer alıyor.

Helmholtz Topluluğu çatısı altında Alman araştırma camiasının 15 yüksek teknoloji kurumu toplanıyor. Bunlar çoğu zaman son derece pahalı olan büyük ve dünyaca tanınan kurumlar; ilk akla gelenler, Ağır İyonlar Araştırma Topluluğu (GSI), Alman Kanser Araştırma Merkezi (DKFZ), Hamburg’daki Alman Elektron Senkrotronu (DESY) ya da Bremerhaven’deki Alfred Wegener Enstitüsü Kutuplar ve Deniz Araştırma Merkezi. Helmholtz Enstitüleri her yıl, fiziksel ya da tıbbi deneyler için, bazısı dünyada eşi olmayan tesislerinden faydalanmak isteyen binlerce yabancı araştırmacıyı cezbediyor.

Federal hükümet, hedefli bir teşvik programıyla bu alanda Almanya’yı daha ileri götürmek istiyor. 2010 yılına kadar GSYİH’nın yüzde üçünün araştırma geliştirmeye ayrılması hedefleniyor (2005: yüzde 2,51). Bu hedef için 2010 yılına kadar araştırma kurumlarının ödenekleri her yıl yüzde üç oranında artırılacak ve altı milyar Avro nano, biyo ve bilgi teknolojilerine akacak